
El sistema se organizó en las primeras horas del 29 de mayo, convirtiéndose en depresión tropical y se disipó al día siguiente, con vientos que alcanzaron los 75 km/h y una presión mínima de 1000 hPa. Incluso antes de convertirse en depresión, la perturbación había afectado los países de América Central con lluvias torrenciales. Al tocar tierra con intensidad de tormenta tropical, causó deslizamientos de tierra e innmuerables ríos desbordados, cobró la vida de varias decenas de personas, desplazando a cientos de miles y provocando la destrucción de miles de hogares e infraestructura.

El 25 de mayo la convección se volvió más concentrada y el Centro Nacional de Huracanes (CNH) advirtió el potencial del sistema para el desarrollo de una depresión tropical. Al día siguiente, luego de pasar por un breve período de desorganización, los múltiples centros de circulación se reorganizaron en uno solo aunque sin una circulación bien definida.
El 29 de mayo, la organización de la circulación y la convección aumentaron y el CNH comenzó a emitir avisos sobre la Depresión tropical Uno-E, mientras el sistema se ubicaba a unos 475 km al oeste de San Salvador, El Salvador.
El nuevo ciclón tropical se encontraba en una región con escasa cizalladura del viento y una temperatura superficial del mar de 30° Celsius, condiciones ideales para su fortalecimiento, a pesar de que el terreno montañoso de la costa de América Central limitaría una intensificación importante. La depresión se movió lentamente en dirección Noreste, alrededor de la periferia de una dorsal, o zona de alta presión, ubicada en el Noroeste de Sudamérica. Algunas horas después, los satélites registraron vientos con fuerza de tormenta tropical, lo que llevó al CNH a nombrar el sistema como Tormenta tropical Agatha. También se notó que existía un 40% de probabilidades de que el sistema sufriera una profundización explosiva, es decir una súbita caída de la presión atmosférica, en las siguientes 24 horas, con un único factor limitante: su proximidad a tierra. A alrededor de las 3:40 pm PDT del 29 de mayo, la tormenta tropical Agatha tocó tierra en las costas del departamento de San Marcos en Guatemala, y comenzó a debilitarse.
Los ciclones más mortales del Pacífico Este Puesto Ciclón Temporada Fallecimientos
1 "Mexico" 1959 1,800+
2 Paul 1982 1,424
3 Liza 1976 630–990
4 Tara 1961 436–500
5 Paulina 1997 230–400
6 Agatha 2010 194
7 Tico 1983 135
8 Ismael 1995 116
9 "Mazatlán" 1943 100
Lidia 1981 100
Fuente: en:List of Pacific hurricanes
Después de tocar tierra, Agatha continuó causando inundaciones y deslizamientos de tierra, aunque los vientos de intensidad de tormenta tropical se disiparon sobre la costa.El sistema se debilitó, disminuyendo los vientos a 40 km/h y la presión a 1007 hPa antes de su disipación total, horas más tarde.

Otros muchos hogares fueron destruidos en inundaciones generalizadas y hubo que realizar docenas de rescates de emergencia. En una conferencia de prensa, el presidente guatemalteco, Álvaro Colom afirmó que "la severidad de la tormenta podría desbordar" la capacidad de respuesta del Estado, temiendo que el daño causado por Agatha pudiese volverse un desastre. Además, la Coordinadora Nacional para la Reducción de Desastres comunicó oficialmente el fallecimiento de 165 personas, 78 desaparecidos, 154 heridos, y 162.857 afectados. La tormenta tropical Agatha tocó tierra en las costas de Guatemala alrededor de las 3:40 pm del 29 de mayo provocando fuertes vientos e intensas lluvias, así como gran oleaje de hasta 4 y 5 metros de altura de las olas. A causa de estas lluvias se produjo un gran socavón en la ciudad de Guatemala. Además, debido a la tormenta Agatha, más de 300 puentes alrededor del país se destruyeron lo cual dejó a varios pueblos y comunidades aisladas por no tener acceso a ellas.